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你們公司的「PCR實驗室」是這樣建設(shè)和質(zhì)控了嗎?

文章來源:儀器信息網(wǎng)

導(dǎo)讀: 環(huán)境和場所作為實驗室檢驗中非常關(guān)鍵的一個要素,在PCR檢驗中同樣至關(guān)重要。目前,在我國相關(guān)國家標(biāo)準(zhǔn)、行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)、實驗室認(rèn)可指南、國家相關(guān)部委公告等文件中均對PCR實驗室的設(shè)計和建設(shè)都給出了明確的要求。

PCR實驗室建設(shè)的主要目標(biāo)是為PCR檢驗提供一個安全、規(guī)范、方便、適宜的環(huán)境和場所。PCR檢驗是一項要求高、技術(shù)性較強(qiáng)的工作,為了確保PCR檢驗工作的順利進(jìn)行,保證PCR檢驗工作的質(zhì)量, 實驗室的建設(shè),包括實驗室工作區(qū)域的設(shè)置、設(shè)備配置、質(zhì)量控制和質(zhì)量保證、清潔及廢棄物處理等非常重要。

環(huán)境和場所作為實驗室檢驗中非常關(guān)鍵的一個要素,在PCR檢驗中同樣至關(guān)重要。目前,在我國相關(guān)國家標(biāo)準(zhǔn)、行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)、實驗室認(rèn)可指南、國家相關(guān)部委公告等文件中均對PCR實驗室的設(shè)計和建設(shè)都給出了明確的要求,把涉及基因擴(kuò)增的實驗室包括PCR實驗室的建設(shè)和管理納入了法制化、規(guī)范化的軌道。

?PCR 實驗室工作區(qū)域的設(shè)置和要求?

PCR實驗室的設(shè)計和布局應(yīng)符合相關(guān)法律法規(guī)的要求,符合GB/T 27025-2008《檢測和校準(zhǔn)實驗室能力的通用要求》,為避免污染、確保生物安全必須嚴(yán)格遵循GB/T 19495.2-2004《轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測實驗室技 術(shù)要求》、及GB 19489-2008《實驗室 生物安全通用要求》、GB 50346-2011《生物安全實驗室建筑技術(shù)規(guī)范》等標(biāo)準(zhǔn)要求建設(shè)PCR實驗室。實驗室設(shè)計應(yīng)將不相容活動區(qū)域進(jìn)行有效隔離,合理設(shè)計實驗分區(qū),防止不同區(qū)域間的交叉污染對實驗結(jié)果造成影響,并確保檢測工作區(qū)域中的生物、化學(xué)、輻射、和物理危險 控制在已經(jīng)過評價的、適當(dāng)?shù)娘L(fēng)險程度,應(yīng)考慮意外傷害和職業(yè)病風(fēng)險,并盡量將其風(fēng)險降到最低,同時,還要保證所有工作人員和外來人員免受已知危害的傷害。

PCR實驗室通常劃分為五個工作區(qū)域:試劑貯備和準(zhǔn)備區(qū)、樣品制備區(qū)、PCR反應(yīng)配制區(qū)、擴(kuò)增區(qū)、擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)。五個工作區(qū)應(yīng)按照清潔、半污染到污染的順序排列。有條件的實驗室宜在各工作區(qū)域設(shè)置緩沖間,緩沖間壓力應(yīng)為負(fù)壓(或上設(shè)抽風(fēng)裝置),與其相連的工作區(qū)域為正壓。工作區(qū)域與緩沖間宜安裝磁性連鎖裝置。受場所限制無條件設(shè)置緩沖間的實驗室,在對檢測區(qū)域進(jìn)行功能劃分后,應(yīng)根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)要求設(shè)置各工作區(qū)域的壓力。每個區(qū)域應(yīng)為獨(dú)立的工作區(qū),要設(shè)置明顯的標(biāo)志,如負(fù)責(zé)人的姓名、污染級別、聯(lián)系人、聯(lián)系電話、準(zhǔn)入要求等,并清晰標(biāo)記出國際通用的危險標(biāo)識(如生物危險標(biāo)識、放射性標(biāo)識等)。各個區(qū)域不能直接相通,如果是緊密相連的區(qū)域,則需要安裝物品傳遞窗。進(jìn)入各個工作區(qū)域須嚴(yán)格遵循單一方向順序,即只能從試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)、樣品制備區(qū)、PCR反應(yīng)配制區(qū)、擴(kuò)增區(qū)至擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū),避免發(fā)生交叉污染。實驗室應(yīng)當(dāng)配備相應(yīng)的安全消防保障條件和措施,在使用、存放及處理放射性、爆炸性、毒害性和污染性物質(zhì)時,應(yīng)符合有關(guān)安全、防護(hù)、疏散、環(huán)境保護(hù)等規(guī)定。

(一)試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)

該工作區(qū)域如未設(shè)緩沖間,壓力應(yīng)為正壓。本區(qū)的功能是實驗室相關(guān)試劑(如核酸提取液、乙醇等)的配置和貯存(包括商業(yè)化的試劑,如PCR反應(yīng)緩沖液、Taq 酶和 dNTPs等)。當(dāng)試劑經(jīng)過技術(shù)性驗收符合要求后,為避免經(jīng)常打開保存管操作造成污染及反復(fù)的凍融,應(yīng)將試劑分裝貯存?zhèn)溆?/span>。貯存試劑的分裝體積根據(jù)實驗室內(nèi)一次測定所需的擴(kuò)增反應(yīng)數(shù)來確定。試劑應(yīng)按照其貯存條件進(jìn)行存放,通常為冰凍貯存。在本區(qū)的實驗操作過程中,操作者必須戴手套,并經(jīng)常更換。此外,操作中使用一次性帽子也是一個有效地防止污染的措施。嚴(yán)禁用嘴吸取液體,加樣器和吸頭等必須經(jīng)高壓滅菌處理。

(二)樣品制備區(qū)

該區(qū)域如未設(shè)緩沖間,壓力應(yīng)為負(fù)壓或減壓,可以安裝排風(fēng)系統(tǒng)。本區(qū)的功能為待檢樣品的保存、核酸的提取、貯存等。如在該區(qū)域內(nèi)還需進(jìn)行RNA檢測,應(yīng)辟出專門RNA操作區(qū),或安裝二級生物安全柜或外排風(fēng)式的排風(fēng)櫥來替代。此區(qū)應(yīng)遠(yuǎn)離其他實驗操作區(qū),粉碎樣品時的器皿要單獨(dú)使用,所有的器具在使用前須經(jīng)過徹底清洗并高壓消毒,防止交叉污染,稱取的待測試樣品應(yīng)加蓋后再轉(zhuǎn)移至PCR反應(yīng)配制區(qū)。

由于在加樣操作中可能會發(fā)生氣溶膠所致的污染,所以應(yīng)避免在本區(qū)內(nèi)不必要的走動。用于RNA擴(kuò)增檢測樣本制備好以后,應(yīng)立即進(jìn)行cDNA合成,因為cDNA鏈較RNA 穩(wěn)定,保存相對容易。為保證逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)的需要,應(yīng)在樣品制備區(qū)設(shè)置溫育裝置。

(三)PCR反應(yīng)配制區(qū)

該區(qū)域如未設(shè)緩沖間,壓力應(yīng)為負(fù)壓或減壓,可以安裝排風(fēng)系統(tǒng)。本區(qū)的功能為配制、分裝PCR主反應(yīng)混和液以及加入核酸模板。已純化的核酸應(yīng)保存于-20°C或-80°C,避免反復(fù)凍融,陽性和陰性標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)DNA可調(diào)整至常用的濃度后分裝并冷凍保存。對于使用巢式PCR進(jìn)行檢測的實驗室,建議在此區(qū)域安裝二級生物安全柜或外排風(fēng)式的排風(fēng)櫥,第一輪的擴(kuò)增產(chǎn)物添加至第二輪的主反應(yīng)混和液的操作可以在此區(qū) 域進(jìn)行。

(四)擴(kuò)增區(qū)

該區(qū)域如未設(shè)緩沖間,壓力應(yīng)為負(fù)壓或減壓,可以安裝排風(fēng)系統(tǒng)。本區(qū)的功能為核酸擴(kuò)增。加了DNA或RNA等模板的反應(yīng)管應(yīng)蓋好蓋子后拿到本區(qū)域。

如未設(shè)置PCR反應(yīng)配制區(qū),已制備的DNA、RNA模板或合成的cDNA(來自樣本制備區(qū))的加入和主反應(yīng)混合液(來自試劑貯存和制備區(qū))制備成反應(yīng)混合液等也可在本區(qū)內(nèi)進(jìn)行。在巢式PCR測定中,通常在第一輪擴(kuò)增后必須打開反應(yīng)管,因此巢式PCR擴(kuò)增有較高的污染危險性,第二次加樣必須在本區(qū)內(nèi)進(jìn)行。不能從本區(qū)再進(jìn)入任何”上游”區(qū)域。為避免氣溶膠所致的污染,應(yīng)盡量減少在本區(qū)內(nèi)的走動,如需要加樣則應(yīng)在超凈臺(氣流方向宜選擇垂流式)或生物安全柜內(nèi)進(jìn)行。打開預(yù)處理過的反應(yīng)混合液時必須防止液體濺出,尤其是在巢式PCR儀擴(kuò)增步驟之間。防止液體濺出的一個簡單的方法是在打開反應(yīng)管前快速離心數(shù)秒。

(五)擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)

該區(qū)域如未設(shè)緩沖間,壓力應(yīng)為負(fù)壓或減壓,應(yīng)安裝排風(fēng)系統(tǒng)。本區(qū)的功能為擴(kuò)增產(chǎn)物的測定。此區(qū)是最主要的擴(kuò)增產(chǎn)物污染來源,應(yīng)遠(yuǎn)離其他實驗操作區(qū),還應(yīng)注意避免通過本區(qū)的物品及工作服將擴(kuò)增產(chǎn)物帶出。在使用PCR-ELISA方法檢測擴(kuò)增產(chǎn)物時,必須使用洗板機(jī)洗板,廢液須收集至1mol/L HCl中,且不能在實驗室內(nèi)傾倒,應(yīng)至遠(yuǎn)離PCR實驗室的地方棄掉。用過的移液器吸頭也必須放至1mol/L HCl中浸泡后再放入垃圾袋中按程序處理。

?PCR 實驗室設(shè)備配置?

設(shè)備是實驗室硬件建設(shè)的基礎(chǔ),是實驗室重要技術(shù)要素之一。實驗室能否準(zhǔn)確、客觀報告每一項檢測結(jié)果,正確選擇使用合適的設(shè)備是前提條件。在設(shè)施和環(huán)境條件滿足需要后,就要給PCR實驗室配備檢測所需要的儀器設(shè)備。PCR實驗室通常分為五個區(qū)域,每個區(qū)域都應(yīng)配備專用的儀器設(shè)備,并且應(yīng)加貼明確的標(biāo)識,避免不同區(qū)域內(nèi)的設(shè)備,特別是微量移液器等小設(shè)備發(fā)生混淆或誤用,從而造成環(huán)境 或樣品污染,

影響檢測結(jié)果。

(一)PCR實驗室常用設(shè)備種類

1. 溫控設(shè)備:包括冰箱(4°C,-20°C,-80°C)、恒溫水浴、恒溫箱和液氮罐等。

2. 水凈化設(shè)備:純水儀,用于制作符合分子生物學(xué)使用標(biāo)準(zhǔn)的去離子水或超純水。

3. 消毒設(shè)備:紫外燈、高壓鍋和干熱滅菌器等。

4. 量值設(shè)備:包括各種型號的移液器、量筒和pH計等。

5. 離心設(shè)備:如冷凍離心機(jī)、水平離心機(jī)和掌式離心機(jī)等。

6. 電泳設(shè)備:如電泳儀和電泳槽等,用于核酸和蛋白的檢測。

7. DNA熱循環(huán)儀(PCR 儀):如普通PCR儀、梯度PCR儀、熒光PCR儀等,用于核酸的擴(kuò)增,可進(jìn)行定性和定量檢測。

8. 凝膠成像系統(tǒng):用于電泳結(jié)果的觀察、拍照和分析。

9. 核酸蛋白分析儀:通過核酸和蛋白在紫外260 nm和280 nm有不同吸收峰的特性,用于核酸和蛋白的定量檢測及提取的DNA純度的檢測。

10. 制冰機(jī):用于制造大多數(shù)核酸和蛋白的實驗操作所需的低溫環(huán)境,以減少核酸酶和蛋白酶的降解。

11. 微波爐:用于一些溶液的快速加熱。

12. 工作環(huán)境保障設(shè)備:生物安全柜、超凈工作臺等。

13. 超聲破碎儀:用于組織勻漿,樣品的提取。

14. 安全防護(hù)設(shè)備:用于緊急情況下實驗室及工作人員的安全防護(hù),如洗眼裝置、緊急噴淋等。

(二)PCR實驗室各區(qū)域設(shè)備配置

(1)試劑儲存和準(zhǔn)備區(qū)

1. 4°C和-20°C冰箱

2. 混勻器

3. 掌式離心機(jī)

4. 微量移液器(覆蓋1uL-1000uL)

5. 移動紫外燈

2)樣品制備區(qū)

1. 4°C和-20°C冰箱

2. 冷凍離心機(jī)

3. 混勻器

4. 水浴箱或加熱模塊

5. 生物安全柜或超凈工作臺

6. 超聲破碎儀

7. 超聲波水浴儀(如需處理大分子DNA,應(yīng)配備)

8. 純水儀

9. 微量移液器(覆蓋1uL-1000uL)

10. 可移動紫外燈

(3)PCR反應(yīng)配制區(qū)

1. -20°C冰箱或-80°C冰箱

2. 生物安全柜或超凈工作臺

3. 掌式離心機(jī)

4. 制冰機(jī)

5. 微量移液器(覆蓋1uL-1000uL)

6. 移動紫外燈

(4)擴(kuò)增區(qū)

1. DNA 熱循環(huán)儀(PCR 儀)

2. 生物安全柜或超凈工作臺臺(氣流方向宜選擇垂流式)

3. 微量移液器(覆蓋1uL-1000uL)

4. 可移動紫外燈

(5)擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)

1. 電泳設(shè)備

2. 凝膠成像系統(tǒng)

3. 核酸蛋白分析儀

4. 微量移液器(覆蓋1uL-1000uL)

5. 可移動紫外燈

各個工作區(qū)域還應(yīng)該配備消耗品:一次性手套、一次性吸水紙、耐高壓處理的離心管和移液器吸頭; 專用工作服和工作鞋、清潔用具;專用辦公用品。以上這些物品應(yīng)保證在各自區(qū)域內(nèi)使用,不能交叉使用。

?PCR 實驗室質(zhì)量控制和質(zhì)量保證?

(一)實驗前的質(zhì)量控制

(1)人員

實驗操作人員應(yīng)具備良好的分子生物學(xué)專業(yè)技術(shù)操作規(guī)范。PCR 都是微量操作,要想獲得穩(wěn)定可靠的 檢測結(jié)果,操作人員就需要一定的專業(yè)技術(shù)知識與經(jīng)驗,要盡可能做到知其然又知其所以然。從實際工作 中來看,不同的操作者所獲得的測定結(jié)果往往差異也很大,因此,人員培訓(xùn)相當(dāng)重要,尤其是內(nèi)部針對性 的培訓(xùn)。

(2)環(huán)境

實驗室的設(shè)計和布局應(yīng)符合相關(guān)法律法規(guī)的要求,生物安全方面要符合 GB19489-2008 的規(guī)定。要將 不相容活動的相鄰區(qū)域進(jìn)行有效隔離,合理設(shè)計實驗室分區(qū),進(jìn)入各個工作區(qū)域須遵循單一方向順序,即 只能從試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)、樣品制備區(qū)、PCR 反應(yīng)配制區(qū)、擴(kuò)增區(qū)至擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū),防止不同區(qū)域間的 交叉污染對檢測結(jié)果造成的影響??偨Y(jié)為一句話就是:嚴(yán)格遵守“各區(qū)獨(dú)立、單一方向”。對影響檢測質(zhì) 量的區(qū)域的進(jìn)入和使用,也要加以控制,非實驗有關(guān)人員和物品不能隨便進(jìn)入。

(3)儀器設(shè)備

儀器設(shè)備的正確使用、維護(hù)和校準(zhǔn)是保證 PCR 結(jié)果準(zhǔn)確的前提。對實驗室中的儀器設(shè)備,如擴(kuò)增儀、 離心機(jī)、移液器、生物安全柜等應(yīng)建立一套規(guī)范化、標(biāo)準(zhǔn)化的操作程序。各實驗區(qū)域應(yīng)有專用的儀器設(shè)備, 每臺設(shè)備要加貼唯一性標(biāo)簽,同一區(qū)域內(nèi)的儀器設(shè)備、物品和工作服應(yīng)有明顯標(biāo)記,避免與其他區(qū)域混用。

(4)試劑

PCR 實驗室使用的試劑等級應(yīng)為不含DNA和DNase的分析純或生化試劑(另有規(guī)定的除外)。試劑 到達(dá)實驗室后,需要經(jīng)過符合性驗收,關(guān)鍵試劑(包括核酸提取試劑、RNase、蛋白酶 K、陰性對照標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)、陽性對照標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)、Taq 酶、限制性內(nèi)切酶、引物、探針、菌種、陽性質(zhì)粒等)應(yīng)經(jīng)過技術(shù)性驗收,合格后方能使用。實驗用水應(yīng)符合一級水的規(guī)格,去離子水的電阻需達(dá)到18.2 Ω。商品試劑盒應(yīng)注明到貨日期,菌種、質(zhì)粒、動植物細(xì)胞組織的貯存和保管應(yīng)符合相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)和法律法規(guī)的要求。所有試劑應(yīng)按其規(guī)定的貯存條件存放。實驗室使用的試劑宜大體積配置、小體積分裝后高壓滅菌保存,不能高壓滅菌的試 劑應(yīng)過濾(0.22μm)除菌,PCR主反應(yīng)液、引物及探針應(yīng)避免反復(fù)凍融。配置的試劑應(yīng)在容器上標(biāo)明試劑名稱、濃度、配置時間、保存條件、失效日期、配制人等信息。

(5)樣品

實驗室收到的樣品時,應(yīng)確認(rèn)其包裝完好無損;進(jìn)入實驗室后應(yīng)加貼唯一性標(biāo)識;在對樣品進(jìn)行混和、樣品制備和稱量過程中要避免交叉污染。

(二)實驗過程中的質(zhì)量控制

做好PCR檢測的最重要的工作之一就是盡可能得防止污染。PCR 實驗室中主要的污染來源包括:

1. 樣品間交叉污染:主要是由于樣品在運(yùn)輸、儲存、放置過程中處置不當(dāng),或是樣品核酸在提取過 程中操作不當(dāng)造成的樣品間的污染。

2. 試劑的污染:由于操作不當(dāng),造成核酸提取、擴(kuò)增過程中各相關(guān)試劑的污染。

3. PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物污染:這是 PCR 實驗中最主要最常見的污染,極微量的 PCR 產(chǎn)物污染就可造成假 陽性。最可能造成PCR產(chǎn)物污染的形式是氣溶膠污染,操作時比較劇烈地?fù)u動反應(yīng)管、開蓋、反復(fù)吹吸樣 液都可能形成氣溶膠而引起污染。

4. 克隆質(zhì)粒的污染:在用克隆質(zhì)粒做陽性對照時,有時會出現(xiàn)克隆質(zhì)粒的污染。

5. 實驗器具的污染:如移液器的污染等。

6. 防止污染的方法:污染重在預(yù)防,為了避免實驗室污染,獲得準(zhǔn)確、可靠的檢測結(jié)果,實驗室應(yīng)制定一套具體可行的污染防護(hù)措施并嚴(yán)格執(zhí)行。

7. 防止防污的主要措施有:嚴(yán)格實驗室分區(qū)及嚴(yán)格遵守實驗室工作制度,不同分區(qū)的物品不得混用;操作人員要有良好的習(xí)慣,實驗操作要規(guī)范正確;實驗器具和試 劑的規(guī)范使用;建立外來人員登記程序;每次實驗后的清潔消毒等。

(三)檢測結(jié)果質(zhì)量控制

為確保 PCR 實驗室檢測結(jié)果質(zhì)量,在檢測樣品時,需要設(shè)置以下對照:

1. 陰性質(zhì)控對照:包括核酸提取空白對照(核酸提取過程中不加樣品的空白管)、PCR 試劑對照(不含DNA/cDNA模板的PCR擴(kuò)增反應(yīng)液試劑、陰性目標(biāo)DNA對照)(即為內(nèi)源基因?qū)φ?,是不含外源目?biāo)核酸序列片段的模板,可以使用陰性標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),并與測試樣品等同處理進(jìn)行核酸提取及擴(kuò)增)。

2. 陽性質(zhì)控對照:陽性目標(biāo)DNA對照,即使用含有目標(biāo)DNA/RNA序列片段的陽性標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)和質(zhì)粒。

(四)外部質(zhì)量評價測試

外部質(zhì)量評價測試的主要方式包括:能力驗證、測量審核、實驗室間比對。凡是對外開展PCR檢測并出具檢測報告的實驗室,應(yīng)按要求定期參加國家有關(guān)法定部門組織的檢驗項目的外部質(zhì)量評價測試。